一：区别？
MRI中文为磁共振成像。MRI检查是把人体放置在一个强大的磁场中，通过射频脉冲激发人体内氢质子，发生共振，然后接受质子发出的共振信号，经过梯度场三个方向的定位，再经过计算机的运算，构成各方位的图像。
CT检查是X线球管和探测器是环绕被检者某一部位旋转，对人体做横断面扫描成像。
二：如何选择？
脑干病变、后颅窝病变、脑白质病变、急性脑梗塞、脑血管畸形、颅神经病变、垂体病变，MRI检查优于CT检查；而急性颅内出血、蛛网膜下腔出血，则应首选CT检查。
肺尖病变、肺动静脉畸形、纵膈病变、胸壁胸膜病变，MRI优于CT;但肺内绝大多数病变（如肺结节筛查）CT检查优于MRI。
多层螺旋CT在冠脉成像检查方面优于MRI，显示冠脉钙化、心包钙化，MRI远不及CT。
脊柱外伤首选MRI，MRI检查对骨损伤造成的骨髓水肿非常敏感；其他骨关节外伤首选X线、CT检查。骨骼病变，MRI与CT各有优势；关节病变、骨髓病变、软组织病变，MRI明显优于CT。
三：互补
尽管MRI检查有很多优势，在定位诊断方面明显优于CT，在定性诊断方面也能提供更多的信息，但它与CT检查为两种截然不同的成像方法，所形成的图像也是不同的，部分病变的MRI信号变化仍缺乏特异性，因而有些病变的定性诊断仍比较困难。
由于MRI检查时间较长，昏迷、躁动病人不能获得清晰的图像，当然体内有金属异物（尤其是植入心脏起搏器）的患者不能进入磁场，此为禁忌症。所以MRI检查也有不可克服的缺点，他不能取代CT，当然CT亦不能取代MRI，两者相辅相成，这也是为什么很多患者有时既做了CT检查，也需要做MRI检查的原因。
注：参考文献来源于放射沙龙